הכינוס השנתי של האגודה להיסטוריה ופילוסופיה של המדעים מעניק הזדמנות לחוקרות ולחוקרים ממדעי הרוח והחברה, העוסקים בהתפתחות ההיסטורית ובהשפעות החברתיות והתרבותית של המדע ועל המדע, להיפגש ולהתוודע למחקרים האישיים של חברי הקהילה. הכינוס מתנהל בעיקרו בעברית, ומלבד דיונים קבוצתיים מתקיים במסגרתו גם מושב מליאה לדיון בסוגיות שונות של האגודה. הכינוס השנתי מתקיים במכון ון ליר משנת 2017.